電子水處理器，是通過高頻電磁場、高壓靜電或低壓電場的作用，使溶解在水中的正負離子（垢分子）被水分子包圍，通過磁場、電場作用，降低離子間引力，減少有效碰撞次數，使帶電離子結晶習性發生改變，不易發生化學反應。由原來易吸附在容器表面的斜方晶系晶體，變成不易吸附的三斜晶系的針裝晶體，從而在管壁上無法結垢，達到防垢的目的。由于水分子在磁場、電場的作用下減弱了垢鹽離子的結合，使垢鹽離子形成開垢表面，成為水合離子進入水中，使受熱爐壁、管壁上原來的水垢逐漸軟化、疏松、自行脫落，起到除垢的作用。
水中的細菌、藻類細胞因高頻電磁場、電場的作用，使細胞內原生質產生電離，影響細胞的正常代謝，導致菌藻死亡，起到殺菌、滅藻的作用。